Уроженец Мюнхена. Изучал музыкальную режиссуру и вокальное искусство в Венской консерватории, где его наставниками были Николай Гедда, Михаэль Пабст и Дитрих Фишер-Дискау.
С 1999 года – солист Венской Фольксопер. В качестве приглашённого артиста выступал в Венской Штаатсопер, Цюрихской опере (Швейцария), Опере Нанси (Франция), театрах Висбадена, Рима, Брюсселя, Токио, Штутгарта, Немецкой опере на Рейне, Баварской и Гамбургской государственных операх, а также в миланском Ла Скала, где пел под управлением Риккардо Мути, и в Вашингтонской опере, куда был приглашен Пласидо Доминго.
Принимал участие в Людвигсбургском фестивале («Реквием» Г. Берлиоза), Зальцбургском фестивале («Манфред» Шумана под управлением Айвора Болтона), Фестивале Моцарта в Ла-Корунье (Испания), где выступил по приглашению Альберто Дзедды. В рамках Академии Россини в Пезаро исполнил партию кавалера Бельфьоре в опере «Путешествие в Реймс» и заглавную роль в россиниевском «Отелло».
Особое место в репертуаре певца занимают партии в операх В.А. Моцарта: Тамино («Волшебная флейта»), Дон Оттавио («Дон Жуан»), титульные роли в операх «Идоменей» и «Милосердие Тита». Кроме того, Фердинанд фон Ботмер выступает в партиях Графа Альмавивы («Севильский цирюльник» Дж. Россини), Леопольда («Иудейка» Ф. Галеви), Эрика («Летучий голландец» Р. Вагнера), Макса («Вольный стрелок» К.М. Вебера), Жакино («Фиделио» Л. Бетховена), Ясона («Медея в Коринфе» С. Майра). Певец уделяет внимание и жанру оперетты, исполняя роли Эдвина («Королева чардаша» И. Кальмана), Графа Цедлау («Венская кровь» И. Штрауса), Альфреда («Летучая мышь» И. Штрауса), Симона («Нищий студент» К. Миллёкера).
Артист обладает богатым концертным репертуаром и дает сольные концерты, представляя немецкой публике вокальные опусы И. Брамса, Р. Шумана, Ф. Шуберта, Ф. Листа, Р. Штрауса, С. Рахманинова.
