В 2001 году окончил Уральскую консерваторию по двум специальностям — «аккордеон» (класс профессора Ю.П. Клюкина) и «дирижирование оркестром русских народных инструментов» (класс профессора В.Л. Карташова). В 2023 году дополнил свои профессиональные навыки, завершив обучение по специальности «дирижирование симфоническим оркестром» (класс профессора В.Л. Карташова).
В 2001–2002 годах работал дирижёром муниципального оркестра русских народных инструментов Тобольска; с 2005 по 2011 год — дирижёром оркестра русских народных инструментов города Советский (Ханты-Мансийский автономный округ).
С 2011 по 2023 год был руководителем ансамбля русских народных инструментов «Югорский сувенир» (Югорск, ХМАО), который неоднократно становился обладателем высших наград на межрегиональных и международных конкурсах и фестивалях.
В качестве приглашённого дирижёра Сергей Филиппенко работал с Уральским государственным русским оркестром, с оркестрами русских народных инструментов Ижевской и Иркутской филармоний. Сотрудничал с солистами Иваном Пермяковым, Василием Пьяновым, Виктором Герасимовым, Виктором Козловым, Юрием Яковлевым, Павлом Есипом и другими. За личный вклад в сохранение и развитие духовных и культурных традиций награждён благодарственными письмами Тюменской областной Думы, городских Администраций Тобольска, Югорска, Советского.
