Лауреат конкурса им. Э. Карузо в Милане, обладатель премии «Грэмми». Профессор по классу вокала Ганноверской Высшей школы музыки и театра.
Свой профессиональный путь начинал в Цюрихском оперном театре (1985–1986) и Немецкой опере на Рейне (1987–1993). Выступает в ведущих европейских театрах, таких как венецианский Ла Фениче, барселонский Лисео, Лионская опера, Баварская и Берлинская государственные оперы. Принимал участие в музыкальных фестивалях в Зальцбурге и Пезаро.
Среди партнеров Маркуса Шефера – выдающиеся исполнители музыки барокко, среди которых Рене Якобс, Сигизвальд Кёйкен, Франс Брюгген, Пол Маккриш, Николаус Арнонкур, Филипп Херревеге, Тон Коопман, Густав Леонхард, а также признанные исполнители современной музыки Михаэль Гилен, Кент Нагано и другие.
В репертуаре певца – партии в кантатно-ораториальных сочинениях и операх Г.Ф. Генделя и венских классиков, вокальные циклы Ф. Шуберта, Р. Шумана и композиторов ХХ века. За Маркусом Шефером закрепилась слава непревзойденного исполнителя партий Евангелиста в «Страстях» И.С. Баха. Запись «Страстей по Матфею», осуществленная при участии Шафера с Николаусом Арнонкуром и ансамблем Concentus Musicus Wein, была удостоена премии «Грэмми», а оратория «Иов» К.Д. фон Диттерсдорфа, исполненная под управлением Германа Макса, получила Приз немецких критиков в области звукозаписи.
Недавние работы солиста включают такие разноплановые по стилистике сочинения, как «Воццек» А. Берга в Берлинской «Комише опер» и «Летучая мышь» И. Штрауса в нидерландском Nationale Reisoperaand.
