Органист, клавесинист, хормейстер. Штатный органист концертного зала Гевандхауз в Лейпциге (с 1986 года). Художественный руководитель Органного фестиваля в Мерзебурге (с 1994 года), где также является почётным органистом кафедрального собора. Основатель и руководитель ансамбля старинной музыки «Merseburger Hofmusik». Победитель Международного конкурса им. И.С. Баха в Лейпциге (1984).
Родился в 1961 году в Заальфельде (Тюрингия, Германия). В 1985 году окончил Высшую школу музыки им. Ф. Мендельсона в Лейпциге по классам дирижирования, фортепиано и органа. По окончании обучения сменил своего отца на посту органиста церкви Святого Иоанна в родном городе, а также возглавил Тюрингский хор мальчиков.
В 1986 году получил приглашение стать органистом лейпцигского Гевандхауза, где реализует себя в нескольких направлениях. Выступает в органных концертах и является автором ряда тематических программ, среди которых полный цикл органных сочинений И.С. Баха, программы к юбилеям Г.Ф. Генделя, Й. Гайдна, Ф. Мендельсона и других композиторов. Играет с симфоническим оркестром Гевандхауза и – в качестве солиста-клавесиниста – с Баховским камерным оркестром.
Активно занимается дирижёрской деятельностью. С 1991 года начал работать с хором Гевандхауза. В 1998–2005 годах руководил Гамбургским хором им. Карла Филиппа Эмануэля Баха, с которым исполнил множество ораториальных сочинений XVIII–XIX веков. К 300-летию со дня смерти Дитриха Букстехуде (2007) организовал и совместно с ансамблем «Merseburger Hofmusik» осуществил в Гевандхаузе трёхлетний цикл концертов, представив всё органное и кантатно-ораториальное наследие мастера.
Гастролировал в разных странах Европы, а также в США и Японии. Как солист-органист выступал с Саксонской государственной капеллой, Мюнхенским и Нью-Йоркским филармоническими оркестрами, сотрудничал с известными дирижёрами, такими как Герберт Блумстедт, Курт Мазур, Мишель Плассон, Марек Яновский, Вольф-Дитер Хаушильд, Франц Брюгген, Риккардо Шайи, Лотар Загрозек.
На протяжении многих лет исследует историю фортепиано и играет на исторических инструментах, в частности, на молоточковом фортепиано 1805 года. Принимал участие в реставрации знаменитого исторического органа Мерзебургского собора, установленного в 1855 году.
Имеет многочисленные записи на радио, телевидении и компакт-дисках (в том числе на лейблах Decca и MDG). В обширную дискографию музыканта входят органные сочинения Ф. Листа, Ю. Ройбке, М. Регера и других композиторов; партия клавесина в Бранденбургском концерте № 5 Баха (с оркестром Гевандхауза под управлением Р. Шайи), музыка И.Л. Кребса (с ансамблями «Collegium Vocale Leipzig» и «Merseburger Hofmusik»), произведения К.Ф. Цельтера, Ф. Шуберта и Р. Шумана, записанные для Западно-Германского радио под руководством кантора лейпцигской Церкви Св. Фомы Готхольда Шварца.
Михаэль Шёнхайт ведёт класс органа в Нюрнбергской и Аугсбургской консерваториях, постоянно приглашается в качестве члена жюри на международные органные конкурсы, в том числе Баховский в Лейпциге, Нюрнбергский и знаменитый конкурс ARD в Мюнхене.
