Родился в 1977 году в семье военнослужащего. В 1996 году с отличием окончил Московское военно-музыкальное училище, в 2001 – Военно-дирижёрский факультет Московской консерватории по классу профессора Г.П. Алявдина. В звании лейтенанта был направлен для прохождения службы в Военный оркестр Екатеринбургского суворовского военного училища.
Принимает активное участие в культурной жизни Екатеринбурга. Созданные им аранжировки исполняются военными духовыми оркестрами и другими музыкальными коллективами города. В 2010 году Сергей Алеев был приглашен в Оркестр штаба Ленинградского военного округа. С 2011 по 2013 год занимал должность начальника Адмиралтейского оркестра. В настоящее время – начальник Военно-оркестровой службы Центрального военного округа.
