Изучал орган и литургическую музыку в Мюнхенской высшей школе музыки в классах Герхарда Вайнбергера и Франца Лерндорфера, а также дирижирование у Ойгена Йохума и Клаудио Аббадо.
Как органист исполнял концерты почти во всех странах Европы, в США и странах Азии. Как дирижер и солист сотрудничает с Мюнхенским и Пражским симфоническими оркестрами, Оркестром эпохи Просвещения, Симфоническим оркестром Мюнхенского радио и Мюнхенским Баховским хором. Как пианист и клавесинист регулярно появляется с оркестром Берлинской филармонии и Симфоническим оркестром Баварского радио.
Осуществил более 20 записей на клавесине, органе, в камерных ансамблях, изданных лейблом Ambitus. В 1989 году записал Реквием Верди и ораторию «Илия» Мендельсона с Ландсбергским ораториальным хором и Симфоническим оркестром Баварского радио. Радиопередачи с участием музыканта записаны в сотрудничестве с сетями RIAS Berlin, Радио WGBH Бостон, RAI 3, польским телевидением и Баварским радио.
Йоханнес Скудлик – основатель и художественный руководитель фестиваля Euro-Via, который представляет концерты в городах по следам древних римских путей по всей Европе, в содружестве с фестивалями «Концерты Ландсберга» и «Баварское органное лето».
